HPV je velmi malý virus, který se přenáší v 99 % při sexuálních aktivitách, nejčastěji pohlavním stykem. Přenos bez sexuální aktivity (například kontaminovaným ručníkem nebo prádlem) je možný, ale velmi vzácný. Obvykle vyžaduje poměrně zásadní hygienický exces. Během pohlavního dráždění a zvláště pohlavního styku (i maximálně šetrného) vznikají mikroskopické trhlinky na pohlavních orgánech a ty jsou vstupní bránou pro přenos infekce. K přenosu infekce tak může dojít i u dívek, které sice zatím neměly pohlavní styk, ale jsou již sexuálně aktivní, neboť infekce může být zanesena například kontaminovanými prsty partnera. Inkubační doba od přenosu infekce do rozvoje onemocnění u infikované osoby je v rozmezí od 1,5 do 8 měsíců, průměrně 3 měsíce. Ještě donedávna se uvažovalo, že bariérová antikoncepce – kondom – není vzhledem k malé velikosti viru zcela spolehlivou ochranou. Dnes převládá názor, že k přenosu infekce docházelo ještě před použitím kondomu při sexuální předehře drážděním prsty a vzájemným dotykem pohlavních orgánů. Kondom je tak nadále považován za prostředek, který omezuje riziko přenosu infekce (ať již z partnera na partnerku nebo naopak), ale vyžaduje nutnost zamezit přenosu HPV ještě před jeho použitím.