HPV infekce je prokázanou příčinou téměř všech případů rakoviny děložního hrdla, ale podílí se i na vzniku dalších onemocnění. Způsobuje asi 90 % přednádorových onemocnění a 40 % případů rakoviny zevních rodidel, 90 % přednádorových onemocnění a 50 % případů rakoviny pochvy, 90% případů rakoviny řitního otvoru (anu) a 50% případů vzácné rakoviny penisu. Podílí se na 15% případů rakovinových nádorů dutiny ústní a horní části dýchacích cest. Je rovněž příčinou vzniku tzv. genitálních (pohlavních) bradavic – kondylomat.