Nejefektivnější obrana proti HPV infekci je preventivní očkování a používání kondomu. Ani jedna z metod však nezajistí absolutní ochranu proti všem typům HPV. Riziko získání závažné infekce je však velmi výrazně sníženo. V každém případě je proto nutné docházet zároveň na pravidelné gynekologické kontroly.